El F.C San Marcos se fundó en 1902.

Su ascenso a primera división fue en 1983, entre los fundadores de este club deportivo podemos mencionar: a los Hermanos Díaz (Luis Y Berni), los hermanos Sánchez de la concepción, Masaya, Omar Sequeira, Naser Jerez, Leonel Cerda (León), Bismarck Palacios (La Vica),Jorge García (Pirata), Douglas Alfaro y Luis Solón Campos que también fue parte de la directiva junto a Luis Díaz también jugador, Don Francisco Alfaro (Chico Moco).